Le prunier supporte des taux d'argiles assez élevés, à condition que celle-ci soit suffisament floculée (présence de calcaire), sans toutefois dépasser 10 % de clacaire actif pour éviter les risques de chlorose. Le prunier préfère les sols dont le pH se situe autour de la neutralité. Avant la plantation, une étude du sol est nécessaire pour déterminer la profondeur du sous-sol, les caractères d'asphyxie, la compacité et le tassement, etc... Cette étape est indispensable puisqu'un sol profond, bien drainé et aéré, est à la base de la bonne installation du système racinaire en profondeur dont va dépendre la vigueur, la production et la résistance à la sécheresse de l'arbre.
Afin de donner au verger un aspect soigné, régulier et esthétique, les arbres sont plantés en carré, rectangle ou quinconce, avec des espacements pouvant varier de 6 à 7 mètres. Des trous d'une profondeur de 20 à 30 cm sont creusés et les jeunes plants (scions) y sont placés après avoir subi une légère taille au niveau des extrémités de leurs racines. Afin de mieux pouvoir résister aux éventuels coups de vents ou tempêtes, la plus grande racine est orientée en direction de vents dominants.
Les vergers de Bertounèche sont plantés sur des boulbènes en légère pente, assurant un drainage naturel efficace. Une analyse de sol est effectuée régulièrement tous les 3 à 4 ans de manière à réduire au maximum les apports de fertilisants extérieurs.